Основная система у меня x86_64, а песочница 32 битная. Команда uname в ней возвращает значение x86_64. Некоторые конфигурационные скрипты завязаны на вывод этой команды, отсюда происходит ошибка при их исполнении. Как оказалось эту проблему может решить linux32(или setarch):
linux32 chroot /path